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    健康診断はフリーランスエンジニアも受けられる?市区町村の特定健診と医療費控除の条件を解説

    監修・編集責任者:牛尾 昭昌(株式会社LASSIC 執行役員)

    「フリーランスの健康診断」を示す図です。案内を見る/特定健診/がん検診を並べています。強調しているのは特定健診です。

    📘 この記事でわかること

    • 特定健診の対象が40歳から74歳の人であることと、生活習慣の改善が必要な場合に特定保健指導を受けられること
    • がん検診は住んでいる市区町村が行っていることと、対象年齢に達してから受診間隔に沿って受けること
    • 健康診断や特定健診の費用は原則として医療費控除の対象にならないことと、重大な疾病が見つかれば対象になること

    業務委託で案件を受けるようになってから、1年に1度の健康診断の案内が届かなくなったことに気づきました。どこで受ければよいのか、その費用は確定申告で差し引けるのかが分かりませんでした。人間ドックや健康診断の費用は、原則として医療費控除の対象になりません10。

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    1. 40歳から74歳の人は、特定健診の対象です

    見るのはメタボリックシンドロームです

    特定健診は、生活習慣病の予防のために、40歳から74歳の人を対象にメタボリックシンドロームに着目して行う健診です2。

    厚生労働省は1年に1度の受診を案内しています

    厚生労働省は、1年に1度特定健診を受診し、生活習慣の改善が必要な人は保健指導を受けるよう案内しています1。

    対象・着目点・頻度を一覧にしました

    表1にまとめます。

    項目内容
    対象40歳から74歳の人2
    何を見るかメタボリックシンドロームに着目2
    受ける頻度1年に1度1
    改善が必要な人保健指導を受けます1

    2. 生活習慣の改善が必要な人には、特定保健指導があります

    保健師や管理栄養士がサポートします

    特定保健指導は、生活習慣病の発症リスクが高く、生活習慣の改善による予防効果が期待できる人に、保健師・管理栄養士などの専門スタッフが生活習慣を見直すサポートをするものです3。

    図1に、特定健診から特定保健指導までの流れを示します。

    図1:特定健診から特定保健指導へ
    特定健診から特定保健指導への流れ 特定健診を 受ける 改善が必要と 分かる 特定保健指導を 受ける

    図の作成:Remogu編集部。特定健診から特定保健指導までの流れを整理したもので、統計データではありません

    3. がん検診は、住んでいる市区町村が行っています

    国が指針を定め、市町村が実施します

    厚生労働省はがん検診の指針を定め、市町村による科学的根拠に基づくがん検診を推進しています5。厚生労働省は、がん検診の受診率を60%以上にすることを目標に掲げています4。

    費用の多くは公費で賄われます

    住んでいる市区町村は健康増進法に基づいてがん検診を実施しており、ほとんどの市区町村では費用の多くを公費で負担し、一部の自己負担で受けられます9。

    対象のがん検診と申し込み方法は、住んでいる市区町村の案内で確かめます。

    4. がん検診は、対象年齢に達してから受診間隔に沿って受けます

    対象年齢に達してから受診します

    国が推奨するがん検診の対象年齢より若い年代では、がんにかかる人が少なく、検診の有効性も確認されていないため、対象年齢に達してから受診することが推奨されています6。

    陰性でも、間隔をあけて受け続けます

    一度「陰性」と判断されても、数年後にがんが発生する可能性があるため、がん検診は受診間隔に沿って定期的に受けることが大事です7。

    ただし、現在がんや前がん病変で治療中の人は、そのがん検診の対象になりません8。

    対象年齢・間隔・対象外を一覧にしました

    表2にまとめます。

    項目内容
    いつから対象年齢に達してから6
    どのくらいの間隔で受診間隔に沿って定期的に7
    対象にならない人そのがんや前がん病変で治療中の人8
    費用多くを公費で負担・一部の自己負担9

    5. 健康診断の費用は、原則として医療費控除の対象になりません

    治療でなければ対象外です

    人間ドックや健康診断の費用は、疾病の治療を行うものではないので、原則として医療費控除の対象になりません10。

    重大な疾病が見つかり治療につながれば対象です

    ただし、健康診断等の結果、重大な疾病が発見され、引き続きその疾病の治療を行った場合は、その健康診断等の費用も医療費控除の対象になります11。この場合の健康診断等は、治療に先立って行われる診察と同じように考えられるためです11。

    図2に、対象になるかどうかの分かれ目を示します。

    図2:医療費控除になるかどうか
    医療費控除になるかどうかの分かれ目 健康診断を受けたあと 何も見つからない 医療費控除の 対象外です 重大な疾病が見つかり 引き続き治療した 医療費控除の 対象です

    図の作成:Remogu編集部。医療費控除の対象になるかどうかの分かれ目を整理したもので、統計データではありません

    医療費控除のしくみそのものは、フリーランスエンジニアの医療費控除の記事で詳しく取り上げています。

    6. 特定健診の費用は、医師の指示に基づく指導を受けると対象になることがあります

    特定健診の自己負担額は、指導まで進んで対象になります

    特定健診の費用も、健康診断と同じく原則として医療費控除の対象にはなりません。ただし、結果が高血圧症・脂質異常症・糖尿病と同等の状態と認められる基準に該当すると診断され、引き続きその特定健康診査を行った医師の指示に基づく指導が行われた場合は、その特定健康診査の自己負担額も医療費控除の対象になります12。

    積極的支援の自己負担金と、セルフメディケーション税制

    特定保健指導のうち、一定の積極的支援によるものでは、一定の基準に該当する人が支払う自己負担金も医療費控除の対象になります13。指導の中身は前の節で触れたとおり、保健師・管理栄養士などの専門スタッフによる生活習慣の見直しです。

    市区町村が健康増進事業として行うがん検診や、保険者が実施する健康診査などは、セルフメディケーション税制の「一定の取組」に当たります14。この税制の条件は、セルフメディケーション税制を扱った記事で確かめられます。

    図3に整理します。

    図3:健診と税の関わり
    特定健診を受けた 基準に該当し 医師の指示で指導を受けた 自己負担額が医療費控除の対象

    図の作成:Remogu編集部。特定健診の自己負担額が医療費控除の対象になる条件を整理したもので、統計データではありません

    7. 1年の始めに、3つを確かめます

    毎年確かめることを、ひとつの表にまとめます

    特定健診は1年に1度の受診が案内されています1。住んでいる市区町村のがん検診の案内も確かめます9。健康診断で重大な疾病が見つかり、引き続き治療した場合は、その健康診断の費用も医療費控除の対象になります11。

    確かめること内容
    特定健診の案内1年に1度受けます1
    市区町村のがん検診の案内住んでいる市区町村の案内を確かめます9
    治療につながった健診の費用重大な疾病が見つかり治療した場合は医療費控除の対象になります11

    確かめる順番を、図にします

    がんや前がん病変で治療中の人は、そのがん検診の対象になりません8。治療中のときは、受ける前に対象になるかを確かめます。

    図4に順番を示します。

    図4:1年の始めに確かめる3つ
    1 特定健診の案内(1年に1度) 2 市区町村のがん検診の案内 3 治療につながった健診の領収書

    図の作成:Remogu編集部。1年の始めに確かめる3点を整理したもので、統計データではありません

    40歳から74歳の人は、特定健診の対象です2。住んでいる市区町村はがん検診を行っており、ほとんどの市区町村で費用の多くを公費が負担しています9。重大な疾病が見つかり、引き続きその治療を行った場合は、健康診断の費用も医療費控除の対象になります11。

    人間ドックや健康診断の費用は、原則として医療費控除の対象になりません10。まず住んでいる市区町村の特定健診とがん検診の案内を確かめ、1年に1度受けます1。

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    出典・参考情報

    *1 厚生労働省「特定健診・特定保健指導について」厚生労働省ホームページ(2026年7月30日・2026年9月確認)
    *2 厚生労働省「特定健診・特定保健指導について」厚生労働省ホームページ(2026年7月30日・2026年9月確認)
    *3 厚生労働省「特定健診・特定保健指導について」厚生労働省ホームページ(2026年7月30日・2026年9月確認)
    *4 厚生労働省「がん検診」厚生労働省ホームページ(2026年7月・2026年9月確認)
    *5 厚生労働省「がん検診」厚生労働省ホームページ(2026年7月・2026年9月確認)
    *6 厚生労働省「がん検診」厚生労働省ホームページ(2026年7月・2026年9月確認)
    *7 厚生労働省「がん検診」厚生労働省ホームページ(2026年7月・2026年9月確認)
    *8 厚生労働省「がん検診」厚生労働省ホームページ(2026年7月・2026年9月確認)
    *9 厚生労働省「がん検診」厚生労働省ホームページ(2026年7月・2026年9月確認)
    *10 国税庁「医療費控除」医療費控除の対象となる医療費のQ&A(2026年4月1日・2026年9月確認)
    *11 国税庁「医療費控除」医療費控除の対象となる医療費のQ&A(2026年4月1日・2026年9月確認)
    *12 国税庁「医療費控除」医療費控除の対象となる医療費のQ&A(2026年4月1日・2026年9月確認)
    *13 国税庁「医療費控除の対象となる医療費」国税庁タックスアンサー(令和8年4月1日現在法令等)(2026年4月1日・2026年9月確認)
    *14 国税庁「セルフメディケーション税制」国税庁タックスアンサー(令和8年4月1日現在法令等)(2026年4月1日・2026年9月確認)