免税事業者の確定申告は必要?フリーランスエンジニアが確かめる所得税と消費税の違い
監修・編集責任者:牛尾 昭昌(株式会社LASSIC 執行役員)

📘 この記事でわかること
- 所得税の確定申告が対象にする1月1日から12月31日までの期間と、翌年2月16日から3月15日までの申告期限
- 所得税の申告が要るかを決める所得金額と所得控除の比べ方と、免税事業者の条件である前々年の課税売上高1,000万円以下との違い
- 1,000万円以下でも免税事業者でなくなる場合と、課税事業者の消費税の申告が3月31日までであること
前々年の売上が1,000万円以下なので、消費税は免税事業者だと聞いていました。それなら、確定申告もしなくてよいのでしょうか。所得税の申告は別に要るのか、どちらも同じ話なのか、判断がつきませんでした。消費税を納める義務が免除されるかと、所得税の確定申告が要るかは、見る数字が違います。
▶ あわせて読みたい
・案件の報酬で消費税の免税事業者でいられるのはどんなときか?例外も解説
・消費税の納付期限はいつ?フリーランスエンジニアの確定申告と中間申告が要る条件
・フリーランスエンジニアの還付申告はいつまで?予定納税や源泉徴収で納め過ぎた税の手続き
1. 所得税の確定申告の対象期間と期限
1年分をまとめて確定させる手続
まず、所得税の確定申告が何をする手続なのかを押さえます。毎年1月1日から12月31日までの1年間に生じた所得の金額と、それに対する所得税等の額を計算して確定させる手続です1。数えるのは暦年の1年分で、案件ごとや月ごとではありません。
この「1年間の所得」は、消費税の免税事業者かどうかとは別の物差しで数えます。消費税の側は、前々年の課税売上高という別の期間の数字を見ます。期間の取り方からして違うので、同じ「申告」でも中身は別物として考える必要があります。
では、その1年分の所得は、どのような区分で数えるのでしょうか。所得税法は、所得をその性質によって10種類に区分しています2。区分ごとに所得の性質が決まっているため、自分の所得がどこに当たるかを確かめる作業が、申告の出発点になります。
事業所得と雑所得の例
10種類のうち、ここでは事業所得と雑所得を取り上げます。事業所得とは、農業、漁業、製造業、卸売業、小売業、サービス業その他の事業から生ずる所得をいいます2。
ただし、案件の報酬がどちらの区分に当たるかは、ここでは言い切りません。一方の雑所得は、利子所得から一時所得までのいずれにも該当しない所得をいい、例として副業に係る所得が挙げられています2。原稿料やシェアリングエコノミーに係る所得も、その例に入ります。
申告期間は翌年2月16日から3月15日まで
期限にも触れておきます。所得税は、毎年1月1日から12月31日までの1年間に生じた所得について、翌年2月16日から3月15日までの間に確定申告を行います3。対象の1年が終わってから申告の期間が始まる流れです。
確定申告の項目と内容
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 対象の期間 | 1月1日から12月31日までの1年間に生じた所得1 |
| 所得の区分の例 | 事業所得は、サービス業その他の事業から生ずる所得2。副業に係る所得は、雑所得の例として挙げられています2 |
| 期限 | 翌年2月16日から3月15日までの間に確定申告を行います3 |
次は、この申告が誰に必要になるのかという基準です。
2. 所得税の確定申告が必要な人の基準
所得金額と所得控除を比べる
所得税の確定申告が必要かどうかは、まず所得金額の合計額と所得控除の合計額を比べて決まります。その年分の所得金額の合計額が所得控除の合計額を超える場合で、その超える額に対する税額が、配当控除額と年末調整の際に控除を受けた住宅借入金等特別控除額の合計額を超える人は、確定申告をする必要があります1。
この文には括弧書きの例外が付いています。控除しきれなかった外国税額控除の額、源泉徴収税額または予定納税の額がある場合は、この基準から除かれます1。括弧の中まで読む必要があります。
また、確定申告をする必要がない人の基準も、別に定められています1。ここで取り上げたのは、申告が必要になる側の基準です。自分がどちらに当たるかは、所得金額の合計額と所得控除の合計額の両方を並べて確かめることになります。
基準に免税事業者かどうかは出てこない
この基準の条文には、消費税の免税事業者かどうかという言葉は出てきません1。見ているのは所得金額の合計額と所得控除の合計額で、消費税の納税義務の有無とは別の物差しです。冒頭の疑問に戻ると、免税事業者だから確定申告が要らない、とは読めません。
とはいえ、免税事業者だから所得税の申告が要る、と言い切れるわけでもありません。この基準に当たる人は申告が要り、当たらない人は別の基準で判断する、という関係です。
図の作成:Remogu編集部。国税庁タックスアンサー「確定申告」の基準の順序を整理したもので、統計データではありません。括弧書きの例外は本文のとおりです
リモートで参画できる案件を見てみる →
3. 消費税の免税事業者になる条件
ここから、消費税の側に移ります。免税事業者とは、消費税の納税義務が免除されている事業者のことです。個人事業者は、その年の前々年(基準期間)における課税売上高が1,000万円以下である場合には、原則として消費税の納税義務が免除されます4。
見ている数字は、所得税の基準とまるで違います。所得税は、その年の所得金額の合計額と所得控除の合計額を比べました。消費税は、前々年の課税売上高を1,000万円という線と比べます。年が違い、数える対象も違う別の基準です。
もう1つ、「原則として」という言葉を外さずに読みます。1,000万円以下でも免税事業者でなくなる場合があり、免税になる条件の細かい例外は、別の記事で詳しく解説しています。案件の報酬と消費税の関係は、案件の報酬で消費税の免税事業者でいられるのはどんなときかにまとめています。
では、1,000万円以下でも免税事業者でなくなるのは、どんなときでしょうか。
4. 1,000万円以下でも免税事業者でなくなるとき
課税事業者を選んでいる課税期間
前々年の課税売上高が1,000万円以下なら、免税事業者だと思いたくなります。しかし、消費税課税事業者選択届出書を提出して課税事業者となっている課税期間は、基準期間における課税売上高が1,000万円以下であっても、納税義務は免除されません4。
1,000万円という線は、届出書を出していない場合の話です。自分が届出書を出したかどうかを思い出せないときは、売上高の数字を見る前に、その点を確かめる必要があります。
特定期間の課税売上高
もう1つの場合は、前々年ではなく、前年の前半の数字で決まります。特定期間、つまり個人事業者ではその年の前年の1月1日から6月30日までの課税売上高が1,000万円を超える場合には、基準期間における課税売上高が1,000万円以下であっても、納税義務は免除されません4。
見る期間が、基準期間と特定期間の2つあります。前々年の1,000万円以下だけを確かめて終わりにすると、前年の前半の数字を見落とします。特定期間の判定の細部は、先ほど紹介した記事にまとめています。
インボイスの登録を受けた課税事業者
3つめは、適格請求書発行事業者の登録です。登録を受けた課税事業者は、基準期間の課税売上高にかかわらず、消費税の納税義務は免除されません5。前々年の売上が1,000万円以下でも、登録を受けていれば、免税事業者の扱いにはなりません。
登録には経過措置も設けられています。令和5年10月1日から令和11年9月30日までの日を含む課税期間中に免税事業者が登録を受けた場合は、登録を受けた日から適格請求書発行事業者となることができます5。登録の日が課税期間の途中でも、その日から適格請求書発行事業者となる扱いです。
1,000万円以下でも免除されない主な場合
すべての例外を並べた表ではなく、主な場合だけを取り上げています。細かい例外は、別の記事で詳しく解説しています。
| 場合 | 扱い |
|---|---|
| 特定期間の課税売上高が1,000万円を超える | 基準期間の課税売上高が1,000万円以下でも、納税義務は免除されません4 |
| 消費税課税事業者選択届出書を出している | 届出書を出して課税事業者となっている課税期間は、1,000万円以下でも免除されません4 |
| インボイスに登録している | 登録を受けた課税事業者は、基準期間の課税売上高にかかわらず免除されません5 |
免税事業者でなくなったあとは、消費税の申告の期限が問題になります。次は、その期限です。
5. 消費税の確定申告と期限
課税期間の終了から2か月以内
消費税の申告は、所得税とは別の手続きです。課税事業者は、課税期間ごとにその課税期間の終了の日の翌日から2か月以内に、納税地を所轄する税務署長に消費税の確定申告書を提出するとともに、その税金を納付しなければなりません6。
所得税の期限は、翌年2月16日から3月15日までと、日付で決まっていました。消費税は、課税期間の終了の日の翌日から数えます。数え始める日が違うので、同じ申告の時期でも、期限の決まり方は別になります。
個人事業者は3月31日まで
個人事業者には、特例があります。12月31日の属する課税期間の消費税の確定申告と納税の期限は、2月末日ではなく3月31日までに延長されています6。2か月以内という原則の日付を、個人事業者については後ろへ動かした形です。
そのため、所得税の申告を終えた時点で、消費税の期限が残っていることがあります。所得税は翌年3月15日までに申告を行い3、課税事業者の消費税は3月31日までです6。
出典:国税庁タックスアンサー「確定申告を忘れたとき」「申告と納税」をもとに作成
リモートで参画できる案件を見てみる →
6. 申告が要らない課税期間と還付申告
課税売上げも納付税額もない課税期間
課税事業者であっても、課税売上げがなく、かつ、納付税額がない課税期間については、確定申告書を提出する必要はありません6。
この規定は、課税事業者の話です。免税事業者が対象になる話ではなく、免税事業者の申告の有無を決めるものでもありません。課税売上げと納付税額の両方がない課税期間についての規定です。
還付申告ができる場合
ただし、同じ規定に続きがあります。課税仕入れに対する消費税額や中間納付額があるときは、還付申告ができます6。申告書の提出が要らない課税期間でも、課税仕入れに対する消費税額や中間納付額があれば、還付申告という別の選択肢が生まれます。
つまり、見ているのは課税売上げと納付税額がないことに加えて、課税仕入れの消費税額や中間納付額があるかどうかです。
図の作成:Remogu編集部。国税庁タックスアンサー「申告と納税」の規定を整理したもので、統計データではありません
では、確定申告の前に、何を確かめればよいのでしょうか。
7. 確定申告の前に確かめる3点
見る数字が分かれる3つの確認
所得税と消費税では、見る数字が違います。所得税の申告が要るかどうかは、その年の所得金額の合計額が所得控除の合計額を超えるかから見ていきます1。消費税の納税義務が免除されるかどうかは、前々年の課税売上高が1,000万円以下かどうかが入り口です4。
ただし、前々年の課税売上高が1,000万円以下でも、インボイスの登録を受けた課税事業者は、基準期間の課税売上高にかかわらず免除されません5。
| 確かめること | 見る数字・状態 | 分かること |
|---|---|---|
| 所得税の基準 | 所得金額の合計額と、所得控除の合計額 | 所得金額の合計額が上回る場合に、その超える額に対する税額で次の基準を見る1 |
| 消費税の免除の入り口 | 前々年の課税売上高が1,000万円以下か | 1,000万円以下なら、原則として納税義務が免除される4 |
| インボイスの登録 | 登録を受けているか | 登録を受けた課税事業者は、基準期間の課税売上高にかかわらず免除されない5 |
図の作成:Remogu編集部。国税庁タックスアンサーの規定を整理したもので、統計データではありません
課税事業者のときの期限
3つを確かめて課税事業者だと分かったときは、消費税の期限も別に走ります。個人事業者の12月31日の属する課税期間は、2月末日ではなく3月31日までに延長されています6。所得税の申告は翌年2月16日から3月15日までの間ですから3、先に所得税、続いて消費税という順で日付が並びます。
申告の要否を分ける2つの数字
冒頭の問いに戻ります。免税事業者だと聞いていたのに、確定申告は要るのか。所得税の申告が要るかは、所得の合計額と所得控除の合計額で決まります1。
消費税を納める義務が免除されるかと、所得税の確定申告が要るかは、見る数字が違います。所得の合計額と、前々年の課税売上高の両方を確かめます。
8. よくある質問
課税事業者を選んでいる期間でも、1,000万円以下なら免除されますか
免除されません。消費税課税事業者選択届出書を提出して課税事業者となっている課税期間は、基準期間の課税売上高が1,000万円以下でも、納税義務は免除されません4。
免税事業者が年の途中でインボイスに登録したらどうなりますか
令和5年10月1日から令和11年9月30日までの日を含む課税期間中に登録を受けた場合は、登録を受けた日から適格請求書発行事業者となれる経過措置があります5。登録を受けた課税事業者は、基準期間の課税売上高にかかわらず、納税義務は免除されません5。
所得税の確定申告の期限はいつですか
毎年1月1日から12月31日までの1年間に生じた所得について、翌年2月16日から3月15日までの間に確定申告を行います3。
リモートワーク案件をお探しの方へ
Remoguは、株式会社LASSICが運営するITエンジニア・デザイナー専門のリモートワーク案件紹介サービスです。フルリモート・ハイブリッドの案件から、スキルに合うものを探せます。
申告の要否を見通せたら、次は働く案件の条件も見てみてください。リモートの案件から探せます。
会員登録無料 / 案件閲覧・相談は無料
※公開中の案件数は時期によって変わります。記事中の案件の傾向は執筆時点のものです。
出典・参考情報
*1 国税庁「確定申告」タックスアンサー(令和8年4月1日現在法令等)(2026年4月1日・2026年9月確認)
*2 国税庁「所得の区分のあらまし」タックスアンサー(令和8年4月1日現在法令等)(2026年4月1日・2026年9月確認)
*3 国税庁「確定申告を忘れたとき」タックスアンサー(令和8年4月1日現在法令等)(2026年4月1日・2026年9月確認)
*4 国税庁「納税義務の免除」タックスアンサー(令和8年4月1日現在法令等)(2026年4月1日・2026年9月確認)
*5 国税庁「適格請求書等保存方式(インボイス制度)」タックスアンサー(令和8年4月1日現在法令等)(2026年4月1日・2026年9月確認)
*6 国税庁「申告と納税」タックスアンサー(令和8年4月1日現在法令等)(2026年4月1日・2026年9月確認)