インボイス制度の対応は、もう2023年に終わらせた——そう思っていないでしょうか。登録番号を取得し、請求書の書式を整えた時点で、対応は完了したはずだと。案件の契約書や請求のやり取りも、その体制のまま続けてきた方が多いはずです。

ところが令和8年(2026年)10月1日、免税事業者からの仕入れについて取引先が引ける消費税額の割合が、80%から70%へと変わります¹。制度は一度きりで完結するものではなく、いまも段階的に動いています。この記事では、フリーランスエンジニアが案件や契約の場で押さえておきたい変化を、国税庁の一次情報にもとづいて整理します。2023年10月の制度開始時点で止まっている解説と、今回の改正内容とは別物として切り分けて確認していきます。

1. 2026年10月に変わるのは「取引先が引ける割合」です

自分の消費税額ではなく、発注側の仕入税額控除が動きます

インボイス制度の登録や請求書の様式は、2023年の時点で整えた方がほとんどのはずです。以降は「もう終わった話」として、意識の外に置いていたとしても無理はありません。

ところがここにきて、控除可能割合という数字が動きます。免税事業者からの課税仕入れについて、取引先が経費として引ける消費税額の割合は、現在80%です。これが令和8年10月1日以降は70%に変わります¹。

この変化は、免税事業者自身の税額が変わるという意味ではありません。むしろ動くのは、取引先が受けられる仕入税額控除の大きさです。自分の消費税額そのものよりも、取引先の仕入税額控除のほうが、先に動く変化だといえます。

国税庁の令和8年度税制改正の説明では、「適用期限を2年間延長した上で、以下のとおり控除可能割合が見直されました」とされています¹。控除可能割合の切り下げ自体を止める話ではなく、下げ方を緩やかにする形に変わった、という説明です。具体的な数字は、このあとの表で確認します。

2023年10月の制度開始時点を解説する記事の多くは、この令和8年度の改正内容までは触れていません。3年前の情報のまま止まっている解説を参考にしていると、今回の変更に気づかないまま案件を続けることにもなりかねません。国税庁が令和8年4月に公表したこの改正情報は、案件を継続するフリーランスエンジニアにとって、次に確認しておきたい一次情報のひとつです。

表:改正前後の控除可能割合の比較

令和8年度の税制改正では、控除可能割合の見直しが2年間延長されたうえで実施されます。改正前は令和8年10月から一気に50%へ下がる予定でしたが、改正後は70%までの引き下げにとどまり、その後さらに段階を踏んで下がっていく形に変わりました¹。まずは令和8年9月30日までと、10月1日以降の違いを確認します。数字そのものは大きく動いていなくても、基準となる時点が動いた事実は押さえておきたいところです。

期間	免税事業者からの仕入れに対する控除可能割合
〜令和8年9月30日	80%
令和8年10月1日〜	70%1

この数字は、フリーランスエンジニア自身が新たに納める消費税ではありません。ただし、免税事業者からの仕入れを続ける取引先にとっては、控除できる額が段階的に目減りしていく話です。参画が長期にわたる案件ほど、この変化と付き合っていく期間も長くなります。

2. 一度きりではなく、段階的に下がっていきます

70%→50%→30%→0%と、数年かけて条件が変わっていきます

「70%になる」という情報だけを見ると、1回変わって終わりのように感じるかもしれません。

ですが経過措置は、一度で下りるスロープではなく、踊り場が何度もある階段のようなものです。令和8年10月から70%になったあと、令和10年10月には50%、令和12年10月には30%、そして令和13年10月には0%になります²。

つまりこの先、数年おきに同じテーマが繰り返し話題に上がるということです。今回だけを乗り切れば済む話ではなく、案件を続けるかぎり付き合っていく変化だと捉えておくと、次の改定でも慌てずにすみます。

令和8年10月から令和13年10月までの間、控除可能割合が変わる時点は4回あります。複数年にわたる案件を継続している場合、契約の更新時期と割合の変わり目が重なることもあります。更新の話し合いの直前に変わり目が来るのか、直後になるのかで、確認しておく内容も変わってきます。

最終的には令和13年10月に0%になる²ため、いずれは免税事業者からの仕入れについて、取引先が控除を受けられなくなる時点が来ます。令和13年10月という最終地点まで見えている点は、行き先の分からない変化よりも見通しを立てやすい材料になります。

出典:国税庁「インボイス制度に関する令和8年度税制改正について」をもとに作成

3. 個人事業者と法人で、扱いが分かれます

2割特例は、令和8年9月30日で個人・法人ともに終わります

2割特例を使って申告してきた方にとって、「次はどうなるのか」は気になるところです。

2割特例は、令和8年9月30日までの日の属する課税期間で終了します⁴。終わる時点は暦の上の9月30日ではなく、その日が含まれる課税期間の区切りで判断します。

3割特例は、個人事業者だけが使える新しい特例です

一方で、その後に用意された3割特例は、個人事業者のみが対象です。令和9年分および令和10年分の消費税申告について、納付税額を課税標準額に対する消費税額の3割にできます³。法人にはこれに相当する特例はありません。

3割特例は、2割特例が終了したあとの受け皿として、個人事業者にだけ用意された点が特徴です。法人の場合は、2割特例が終了したあとにこれに相当する簡易化の特例は用意されていないため、簡易課税制度など既存の選択肢のなかで対応を検討することになります。

この違いは、フリーランスエンジニアとして案件を続けるか、法人化を選ぶかを考えるときの材料の一つになります。ただし法人化の判断は税制以外の要素も関わるため、この記事では特例の対象が個人事業者と法人とで異なるという事実を示すにとどめます。どちらの立場であっても、まず現状の課税期間と対象になる特例を確認するところから始めることになります。

登録するかどうかの判断よりも、まず立場が個人事業者か法人かを確認するほうが、論点の整理としては早道です。

表:個人事業者と法人における特例の扱いの違い

2割特例と3割特例は、どちらも消費税の申告を簡易にする仕組みですが、対象になる期間と対象者が異なります。個人事業者と法人を並べて比較すると、令和9年分以降に扱いが分かれる点が見えてきます³⁴。同じ2割特例を使っていた立場でも、その先の選択肢は同じではありません。表と図でそれぞれの扱いを確認しておきます。

区分	2割特例	3割特例
個人事業者	令和8年9月30日までの課税期間で終了します4	令和9年分・令和10年分に適用できます3
法人	令和8年9月30日までの課税期間で終了します4	対象ではありません3

図の作成:Remogu編集部。国税庁の一次情報をもとに、個人事業者と法人の扱いの違いを整理したもので、統計データではありません

4. 案件の場で話題になりやすいのは、価格ではなく手続きです

登録番号・完了時期・請求書の様式が、確認の対象になります

控除可能割合が下がると聞くと、報酬の交渉に直結する話のように身構えてしまうかもしれません。契約の更新や新しい案件への参画を控えていると、なおさら気になるところです。

案件の交渉で最初に話題になるのは、金額そのものではありません。むしろ請求書の記載内容や登録番号の確認といった、手続きの一致です¹。

具体的には、取引先の登録番号が請求書に記載されているか、作業の完了をどの時点で区切るか、税率や税額が区分して記載されているかといった点が、月をまたぐ準委任契約の現場ではとくに確認されやすくなります。

制度の数字を覚えておくよりも、自分の請求書がその都度整っているかを確認する習慣のほうが、実務では役に立ちます。取引先の控除割合が下がるほど、発注側の負担感は増えていきますが、それによって報酬の見直しが必ず話題になるとは限らず、まずは請求や契約の実務が整っているかどうかが問われる場面のほうが先に来ます。

こうした確認は、案件が始まるタイミングや、月をまたいで作業が続く場面でとくに起こりやすくなります。作業の区切りをどの月の取引として整理するかは、契約や請求のやり取りのなかで決めていく必要が出てくるためです。契約書や発注書に登録番号や適用税率の記載欄がある場合は、案件の開始前に内容を確認しておくと、請求のやり取りがスムーズになります。

とくに参画したばかりの時期は、請求のフォーマットについて確認のやり取りが増えやすいタイミングです。事前に登録番号や税率の記載を整えておくと、初回の請求でのやり取りを減らせます。すでに参画している案件でも、契約更新や体制変更のタイミングで同じ確認が入ることがあります。

図の作成:Remogu編集部。案件の契約の場で確認されやすい手続きを整理したもので、統計データではありません

5. 相談する前に、自分で整理しておく4つの論点です

立場・課税期間・届出・契約書の記載を、先に書き出しておきます

制度の変化は分かった、けれど誰に何を相談すればいいのか、順番に迷うこともあります。

論点を整理しておくことは、相談の前に地図を用意しておくようなものです。整理しておきたいのは、立場(個人事業者か法人か)、課税期間(特例の対象になる期間はいつまでか)、届出(簡易課税へ移る場合の提出時期)、契約書の記載(登録番号や税率の区分)の4つです。

簡易課税制度については、2割特例または3割特例の適用を受けた場合、その課税期間の翌課税期間に係る確定申告期限までに簡易課税制度選択届出書を提出すれば、翌課税期間から簡易課税制度を適用できる仕組みが用意されています⁵。

これらを先に書き出しておくと、税理士への相談も具体的な質問から始められます。

立場については、免税事業者のままか適格請求書発行事業者として登録しているか、そして個人事業者か法人かという2つの軸で整理できます。課税期間については、2割特例・3割特例それぞれの対象期間³⁴を確認しておくと、いつまでにどの選択肢が使えるかが見えてきます。契約書の記載は、登録番号や適用税率が案件ごとに正しく反映されているかを確認する項目です。

税理士によって得意分野が分かれることもあるため、消費税やインボイス制度の実務に詳しいかどうかを事前に確認しておくのも一つの方法です。2割特例・3割特例は、いずれも本来の計算方法よりも事務の手間を軽くするための仕組みとして用意されています。仕組みの詳細や自分に当てはまるかどうかは、税理士に確認しながら整理していくことになります。

表:相談前に整理しておきたい論点のチェック表

税理士への相談は、制度の説明を一から受ける場ではなく、自分の状況に当てはめて確認する場にするほうが、限られた時間を有効に使えます。4つの論点をあらかじめ書き出しておくと、相談の的が絞りやすくなります。参画中の案件が複数ある場合は、案件ごとに登録番号と税率の記載欄の有無を並べて書いておくと、どの契約から手をつけるかの順番も見えてきます。

論点	確認しておきたいこと
立場	免税事業者か、適格請求書発行事業者かを確認します。個人事業者か法人かも合わせて確認します
課税期間	2割特例・3割特例の対象になる課税期間がいつまでかを確認します34
届出	簡易課税制度を選ぶ場合、翌課税期間の確定申告期限までに届出書を提出する仕組みがあることを確認します5
契約書の記載	登録番号・適用税率・消費税額が区分して記載されているかを確認します

図の作成:Remogu編集部。相談前に整理しておきたい論点を整理したもので、統計データではありません

6. まとめ

2026年10月に動くのは、フリーランスエンジニア自身の税額ではなく、取引先が受けられる仕入税額控除の大きさです。それでも制度は数年おきに段階を刻んでおり、案件を続けるかぎり付き合っていくテーマになります。ここまでの内容を整理します。

• 免税事業者からの仕入れに対する控除可能割合は、令和8年10月1日から70%になります¹
• その後も70%→50%→30%→0%と、数年かけて段階的に下がっていきます²
• 3割特例は個人事業者のみが対象で、令和9年分・令和10年分に適用されます³
• 2割特例は令和8年9月30日までの課税期間で、個人・法人ともに終了します⁴
• 簡易課税制度へ移る場合は、届出の時期にも仕組みが用意されています⁵

課税事業者になるかどうかや届出の時期といった個別の判断は、税理士に相談することをおすすめします。まずは自分の立場がどちらに当たるか、そしてどの特例の対象期間に該当するかを確認するところから始めてみましょう。案件を通じて取引先と情報を共有しておくことも、無用な誤解を避けるうえで助けになります。

7. よくある質問

2026年10月に変わるのは、誰の税額ですか。

変わるのは、免税事業者からの課税仕入れについて取引先が仕入税額として控除できる割合です。現在の80%が、令和8年10月1日以降は70%になります¹。免税事業者自身の消費税の申告や納税額が、直接変わるわけではありません。この点を取引先と共有しておくと、交渉の場での誤解を防ぎやすくなります。

適格請求書発行事業者に登録しない場合、どうなりますか。

登録しない選択は、この記事で結論を出すものではありません。むしろ、発注側の控除割合が段階的に下がっていくという制度の動き²を踏まえたうえで、税理士と一緒に整理する論点になります。案件ごとに事情は異なるため、まずは現在の契約状況を整理したうえで相談するとスムーズです。

誰に相談すればよいですか。

課税事業者になるかどうかや届出の時期など、個々の税額に関わる判断は税理士の領域です。この記事で扱った制度の変化を材料に、税理士へ相談することをおすすめします。相談の前に立場・課税期間・届出・契約書の記載という4つの論点を整理しておくと、話がスムーズに進みます。

常駐や準委任といった契約形態によって、消費税の扱いは変わりますか。

契約形態と消費税の扱いは、別の問題です。準委任か請負か、常駐かリモートかにかかわらず、適用されるのは登録の有無と特例の対象期間³⁴という制度側の条件です。契約形態を見直すこと自体は、控除割合への対応にはならない点も押さえておく必要があります。

2割特例と3割特例は、どちらも法人に使えますか。

いいえ。3割特例は個人事業者のみが対象で、法人は令和9年分以降は対象になりません³。2割特例は、令和8年9月30日までの日の属する課税期間で終了します⁴。法人が2割特例の終了後にどう対応するかは、簡易課税制度など既存の制度のなかで検討する論点になります。

※公開中の案件数は時期によって変わります。記事中の案件の傾向は執筆時点のものです。

出典・参考情報

＊1 国税庁「インボイス制度に関する令和8年度税制改正について」（2026年4月）
＊2 国税庁「インボイス制度に関する令和8年度税制改正について」（2026年4月）
＊3 国税庁「インボイス制度に関する令和8年度税制改正について」（2026年4月）
＊4 国税庁「インボイス制度に関する令和8年度税制改正について」（2026年4月）
＊5 国税庁「インボイス制度に関する令和8年度税制改正について」（2026年4月）
＊6 国税庁「インボイス制度特設サイト」（制度全体の一次情報）