【控除証明書の自動入力】フリーランスエンジニアがマイナポータル連携で確定申告する準備と注意点
監修・編集責任者：牛尾 昭昌（株式会社LASSIC 執行役員）
📘 この記事でわかること
- マイナポータル連携が控除証明書等のデータを一括で自動入力する仕組みと、それが使える確定申告の場面
- 事前準備は初回だけで済むことと、取得する証明書が増えなければ翌年以降は手続きが要らない範囲
- 国民年金の控除証明書をねんきんネットの登録で電子的に受け取り、作成コーナーへ取り込むと自動入力される流れ
確定申告のたびに、国民年金の控除証明書などを一枚ずつ探し出し、通知書に書かれた金額を入力欄へ書き写していました。マイナポータル連携を使えば自動で入ると聞いてはいましたが、何を準備すればよいのか、毎年手続きが必要なのかが分かりませんでした。手元の書類とにらめっこしながら、同じ作業を来年も繰り返すのだろうかと感じていました。マイナポータル連携の事前準備は、取得する控除証明書等が増えなければ、翌年以降は要りません。
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1. 控除証明書等を自動入力するマイナポータル連携の仕組み
確定申告のたびに、国民年金保険料や生命保険料の控除証明書を一枚ずつ手元にそろえ、通知書に書かれた金額を申告書の入力欄へ書き写す作業に時間を取られてきました。控除証明書の枚数が増えるほど、突き合わせの手間も増えます。マイナポータル連携は、この書き写しを自動入力に置き換える仕組みです。
控除証明書等のデータをまとめて取り込む機能
マイナポータル連携とは、所得税の確定申告などの手続きで、マイナポータル経由で控除証明書等のデータを一括取得し、申告書の該当項目へ自動入力する機能です1。控除証明書ごとに金額を手で打ち込む作業が要らなくなります。
マイナンバーカードでe-Tax提出する場合に限る利用
所得税の確定申告では、確定申告書等作成コーナーでマイナポータル連携を使えますが、マイナンバーカードを利用してe-Taxで申告書を提出する場合に限られます1。
そのため、書面で提出する申告や、マイナンバーカードを使わない申告では、この自動入力の対象になりません。まず、自分の申告がマイナンバーカードによるe-Tax提出かを確かめます。
令和6年分の確定申告では310万人がマイナポータル連携を利用しており、利用者数は年々増えています2。
機能と使える場面の一覧
機能があっても、使えるのはマイナンバーカードでe-Tax提出するときだけです1。
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 何をする機能か | マイナポータル経由で控除証明書等のデータを一括取得し、申告書の該当項目へ自動入力します1 |
| 使える場面 | マイナンバーカードを利用してe-Taxで確定申告書を提出する場合です1 |
2. 使える条件：控除証明書の発行主体の連携対応
マイナンバーカードでe-Tax提出をしていても、それだけでは控除証明書等のデータは自動で入ってきません。もうひとつ確かめておく条件があります。
発行主体の連携対応の有無
マイナポータル連携で控除証明書等のデータを取得するには、控除証明書等の発行主体がマイナポータル連携に対応していることが必要です1。
一括で取り込む方法と個別にダウンロードする方法
控除証明書等のデータは、マイナポータル連携で一括取得するほか、発行主体のホームページの「お客様ページ」などにログインしてダウンロードする方法もあります1。
出典：国税庁「マイナポータル連携特設ページ」（2026年8月）をもとに作成
確定申告の準備を進めながら、自分に合うリモート案件をチェックする →
3. 初回だけで済む事前準備
次は、この準備を毎年繰り返す必要があるのかです。
一部を除き最初の1回だけの事前準備
マイナポータル連携の事前準備は、一部の証明書等を取得する場合を除き、初めて利用するときの1回だけです。取得する控除証明書等が増えなければ、翌年以降は要りません1。
発行主体によって数日かかるデータの取得
発行主体によっては、連携手続きを終えてから控除証明書等のデータが取得できるようになるまで数日を要する場合があるので、余裕をもって準備するよう案内されています1。
確定申告の期限が近づいてから手続きを始めると、データの取得が間に合わないこともあります。案件の作業が立て込む時期を避け、先に済ませておきます。
出典：国税庁「マイナポータル連携特設ページ」（2026年8月）をもとに作成
ここからは、国民年金の控除証明書に絞って、電子データで受け取る手順を確かめます。
4. ねんきんネットの電子送付で受け取る国民年金の控除証明書
国民年金保険料を自分で納めているなら、その控除証明書の受け取り方も確定申告の準備に関わります。
「お知らせ」で受け取るためのねんきんネットへの登録
国民年金保険料の控除証明書と公的年金等の源泉徴収票の電子データは、マイナポータルの「お知らせ」で受け取れます3。
電子データを受け取るには、まずマイナポータルから「ねんきんネット」の利用登録を行います。登録にはマイナンバーカードと、数字4桁のパスワード（利用者証明用電子証明書パスワード）を使います3。
電子送付の希望登録と郵送の停止
ねんきんネットの利用登録を終えたら、次は同じねんきんネットで電子送付の希望登録を行います。この登録を済ませて初めて、控除証明書が電子データとして届くようになります3。
電子送付を希望すると、それ以降の通知書は郵送されなくなります。ただし、登録するタイミングによっては、電子データと郵送の両方が届く場合もあります3。
受け取りの手順の一覧
手順は4つで、マイナポータルとねんきんネットを行き来します。
| STEP | すること |
|---|---|
| STEP1 | ねんきんネットの利用登録（マイナンバーカードと数字4桁のパスワードを使います）3 |
| STEP2 | 電子送付の希望登録（希望すると郵送は停止されます。タイミングによっては両方届く場合があります）3 |
| STEP3 | 「お知らせ」で受け取る（電子データは書面形式では表示されません）3 |
| STEP4 | 確定申告書等作成コーナーに取り込む（該当項目が自動入力されます）3 |
次は、こうして届いたデータを確定申告でどう使うのかを確かめます。
5. 「お知らせ」に届いたデータの作成コーナーへの取り込み
ねんきんネットの登録を済ませると、控除証明書の電子データはマイナポータルに届くようになります。
書面形式では表示されない「お知らせ」の電子データ
マイナポータルの「お知らせ」に送付される電子データは、書面形式では表示されません3。
作成コーナーへの取り込みと自動入力
e-Taxで確定申告を行う際に、控除証明書などの電子データを確定申告書等作成コーナーに取り込むと、該当項目が自動入力されます3。1章で確かめたマイナポータル連携の仕組みが、ここで実際に働きます1。
控除証明書ごとに金額を書き写す作業は要りません。
紙で使いたいときのQRコード付証明書等作成システム
受け取った控除証明書の電子データを紙面に印刷して使いたいときは、国税庁のQRコード付証明書等作成システムを利用します3。
e-Taxで自動入力を使うときと、紙に印刷して使うときとでは、その先の操作が分かれます。
出典：日本年金機構「通知書をマイナポータルで受け取る」（2025年3月18日）をもとに作成
確定申告の準備と並行して、自分に合うリモート案件をチェックする →
6. 郵送から電子データへの切り替え
では、これまで通知書を郵送で受け取ってきた人はどうなるのでしょうか。
郵送で受け取った通知書の電子データでの受け取り
通知書を郵送で受け取ってきた人も、電子データでの受け取りが可能です3。
すでに書面で受け取った通知書を電子データで受け取る方法は、日本年金機構の案内で確かめます。これから届く分を電子データにしたいなら、4章のSTEP1・STEP2を済ませます。
切り替えたあとの郵送の停止
郵送が止まるのは、電子送付の希望登録を済ませたあとです。登録のタイミングによっては両方届く場合もあります3。
そのため、切り替えを決めたら、次の確定申告に向けてどちらの形で控除証明書が届くのかを、あらかじめ確かめます。
7. マイナポータル連携を使う前に確かめる3点
確かめる3点の一覧
使い始める前に確かめるのは、次の3点です。どれかが欠けていると、自動で入らない証明書が出てきます。
| 確かめること | 内容 |
|---|---|
| マイナンバーカードでe-Tax提出しているか | 確定申告書等作成コーナーでマイナポータル連携を使えるのは、この提出方法に限られます1 |
| 控除証明書の発行主体が対応しているか | 対応していない発行主体のデータは、マイナポータル連携では取得できません1 |
| ねんきんネットの登録を済ませたか | 利用登録と電子送付の希望登録の両方を済ませて、初めて国民年金の証明書が電子データで届きます3 |
確かめる順番
確かめる順番は、提出方法、発行主体の対応、ねんきんネットの登録です。提出方法がマイナンバーカードによるe-Taxでなければ、残りの2つがそろっていても、作成コーナーでマイナポータル連携は使えません1。
出典：国税庁「マイナポータル連携特設ページ」（2026年8月）をもとに作成
マイナポータル連携の事前準備は、取得する控除証明書等が増えなければ、翌年以降は要りません1。一度そろえておけば、来年の確定申告では、控除証明書を一枚ずつ書き写す作業を繰り返さずに済みます。
8. よくある質問
マイナポータル連携は、どの提出方法でも使えますか
確定申告書等作成コーナーでマイナポータル連携を使えるのは、マイナンバーカードを利用してe-Taxで確定申告書を提出する場合に限られます1。
事前準備は、毎年必要ですか
事前準備は、一部の証明書等を取得する場合を除き、初めて利用するときの1回だけです。取得する控除証明書等が増えなければ、翌年以降は要りません1。
電子送付を希望すると、郵送の通知書は届かなくなりますか
電子送付を希望すると郵送は停止されます。ただし、登録のタイミングによっては両方行われる場合があります3。
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出典・参考情報
＊1 国税庁「マイナポータル連携特設ページ」国税庁ホームページ（2026年8月・2026年9月確認）
＊2 国税庁「マイナポータル連携で自動入力！（令和7年分 確定申告特集）」国税庁 確定申告特集（2025年・2026年9月確認）
＊3 日本年金機構「通知書をマイナポータルで受け取る」日本年金機構ホームページ（更新日 2025年3月18日）（2025年3月18日・2026年9月確認）